Mangelhafte Entmistungs- und Einstreuhygiene im Stall führen bei Pferden zu Einschränkung des Wohlbefindens, Gesundheitsproblemen (Atemwegserkrankungen, Strahlfäule etc.) und zu verkürzten Liegedauern.

Hygienemängel im Auslaufbereich bzw. der längere Aufenthalt der Pferde auf einem mit Exkrementen vermischten morastigen Boden können zu gesundheitlichen Problemen wie Strahlfäule und Mauke führen. Auch eine Beeinträchtigung des Ruheverhalten ist bei (stau)nasser oder tiefgründiger Bodenbeschaffenheit möglich.

Besonders gefährlich und deshalb absolut ungeeignet als Futter oder Einstreu für Pferde sind angeschimmeltes Heu und Stroh, denn deren Staub enthält massenhaft krankmachende Sporen. Es genügen mitunter schon geringe Staubmengen, um beim Pferd eine Atemwegserkrankung auszulösen.

Pferde stillen ihren Durst ungern aus verschmutzten Tränken oder durch verunreinigtes Wasser. Verkalkte oder herunter regulierte Wasserleitungen mit der Folge von zu geringen Durchflussgeschwindigkeiten (< 8 l/min) führen zu einer unzureichenden Aufnahme an Wasser, so dass insbesondere im Sommer Kreislaufprobleme und Koliken aufgrund von Dehydratation auftreten können.